بيمارستان فارابي از بدو تاسيس داراي بخش آزمايشگاه بوده است . كه محل آن در زيرزمين بيمارستان قديم فارابي قرار داشت .آزمايشگاه شامل دو سالن مجاور بود كه سالن اول اطاق نمونه گيري و پذيرش بيماران و سالن دوم كه مجهز به يك سكوي انجام آزمايشات كه در وسط سالن قرار داشت . در آن زمان بيمارستان فارابي علاوه بر بخش چشم داراي بخش گوش و حلق وبيني نيز بود .آزمايشگاه در آن زمان داراي بخشهاي محدود هماتولوژي ، بيوشيمي ، بيوشيمي ادرار و مدفوع ، سرولوژي و ميكروبشناسي بوئه ودر بخش سرپايي آزمايشهاي سيلان و انعقاد انجام ميشد.از سال 1364 بعلت افزايش بيماران و نامناسب بودن فضا و آلودگي هواي زيرزمين ، اتاقي در طبقه سوم به آزمايشگاه اختصاص پيدا كرد تا سال 1369 كه بيمارستان جديد فارابي تاسيس گرديد و آزمايشگاه در اين سال به محل جديد خود كه در طبقه همكف ساختمان جديد قرار داشت منتقل گرديد و همزمان با گسترش فضاي فيزيكي آزمايشگاه ، تعداد پرسنل نيز افزايش يافت . بخش هماتولوژي در آن سال به يك سل كانتر مجهز گرديد با اين تغييرات نوبت پذيرش بيماران به روز تقليل پيدا كرد و همينطور نتايج آزمايشات نيز در همانروز در اختيار بيماران قرار ميگيرد . از سال 1381 آزمايشگاه با سيستم هاي اتوآناليز و سل كانتر مجهز گرديد و از سال 1383 آزمایشگاه بالینی و پاتولوژی در هم ادغام شدند آزمایشات ایمنوفلورسانس و آزمایشات الایزا از بخشهای راه اندازی شده در چند سال اخیر این بیمارستان می باشد .
اسامي رؤساي آزمايشگاه بعد از سال 1350:

خانم دكتر كمال

آقاي دكتر نامداري 1355-1353
آقاي دكتر باباخان اسماعيل شيرازي 1357-1355
خانم دكتر فروزنده برليان 1361-1358
آقاي دكتر داود آقاشاهي1380-1361

خانم دكتر فهيمه اسدي آملي -1380

آزمایشگاه پاتوبیولوژی بیمارستان فارابی شامل چهار بخش می باشد:
- پاتولوژی: آناتومیکال که نمونه های بافتی و سیتولوژی و ایمنوفلورسانس در اینجا پذیرفته می شود .
- بالینی(کلینیکال پاتولوژی): که شامل قسمتهای هماتولوژی - بیوشیمی - میکروبیولوژی - سرولوژِی - آزمایشگاه انگل و ادرارمیباشد
- پذیرش
 - نمونه گیری
این بخش پذیرای نمونه ها از داخل و خارج از بیمارستان می باشد و آمادگی پذیرش نمونه های پاتولوژی مربوط به چشم و مشاوره این نمونه ها از سایر مرکز را داراست .
-بطور ثابت هر ماهه دوره افتالموپاتولوژی برای دستیاران سال سوم و چهارم رشته پاتولوژی به طور گردشی برگزار میگردد.( دو رزیدنت در هر ماه)
-آموزش پاتولوژی چشم و آزمایشگاهی برای رزیدنتهای چشم پزشکی طبق برنامه آموزشی گروه چشم برگزار میشود.
- در درون بخش کنفرانسهای دوره ای جهت کارکنان و دستیاران دایر می باشد. آزمایشگاه همکاری زیادی باکمیته های مختلف بیمارستانی از جمله : کمیته مورتالیته و نسوج - کمیته کنترل عفونت -کمیته تجهیزات پزشکی - کمیته اخلاق پزشکی - کمیته کادر پزشکی و کارکنان دارد.
- پایان نامه های مربوط به دستیاران پاتولوژی و دانشجویان پزشکی عمومی به سرپرستی خانم دکتر اسدی آملی در هر دوقسمت آزمایشگاه در حال انجام است.
- آزمایشات PCR در قالب طرحهای تحقیقاتی بر روی نمونه ها با همکاری دانشکده پزشکی انجام می گردد.
- آموزش دانشجویان دوره کارورزی و کار آموزی علوم آزمایشگاهی بطور مرتب نیز در آزمایشگاه بالینی صورت میگیرد.
قسمتهای مختلف آزمایشگاه پاتوبیولوژی:
- پذیرش
- جواب دهی
- نمونه گیری
- بیوشیمی
- هماتولوژی
- ایمنولوژی
- کامل ادرار
- میکروب شناسی
- ایمنوفلورسنس
- بخش تکنیک
- بخش پاتولوژی

همه روزهای هفته در سه شیفت کاری از تمام بیمارانیکه به بیمارستان مراجعه می کنند نمونه گیری انجام میشود.